Корень слова - это его основа, которая присутствует во всех формах слова.
В слове "запах" корнем является все слово: -запах-. Данное слово не содержит приставок и суффиксов, окончание нулевое, соответственно, корень - все слово. Это подтверждается изменением форм слова: запаха, запаху, запахи, запахами - везде изменяется только окончание, а основа - корень "запах" - остается неизменной.