Под школьным микроскопом обычно нельзя увидеть вакуоли, митохондрии и другие органоиды, поскольку они слишком малы. Для их наблюдения требуется более мощный микроскоп, такой как электронный. Стандартные школьные микроскопы имеют увеличения от 40x до 1000x. Это достаточно для просмотра клеток и некоторых крупных органоидов, таких как ядро. Однако митохондрии и вакуоли часто имеют размеры в несколько микрометров, что является пределом разрешения большинства учебных микроскопов. Электронные микроскопы могут увеличивать в десятки и сотни тысяч раз, что позволяет увидеть эти маленькие структуры и детали клеток. Дополнительно, подготовка образцов для просмотра под электронным микроскопом отличается от обычной. Образцы должны быть тонкими и специальным образом обработанными. Таким образом, для изучения органоидов требуются более сложные и специализированные инструменты.