Сначала отделяем окончание, когда начинаем делать разбор какого-либо слова по составу. Осталась основа. Там всегда есть корень, иногда еще суффиксы и приставки. Результат словообразовательного разбора слова "ненавидеть": ненавид — корень, е — суффикс, ть — окончание, ненавиде — основа слова.
