Католическая церковь была против Реформации, поэтому протестантов Папа Римский назвал еретиками и приказал действовать. Самым популярным способом борьбы была инквизиция. В Риме создали центральный инквизиционный суд, сформировали список запрещённых книг.
Для противостояния создали монашескую организацию - орден иезуитов. Они входили в доверие людей всех классов, для направления их деятельности в интересах католической церкви. В начале XVII века иезуиты были организаторами и участниками нападения польских феодалов на Русское государство. Во Франции они убили короля, провозгласившего равноправие католиков и протестантов. В Южной Америке они захватили Парагвай. Одним из самых страшных дел католической церкви было массовое убийство французских протестантов, известное как Варфоломеева ночь.